学院建于1958年，在我国第一个建立了“药用植物”、“经济动物”和“野生植物资源开发与利用”3个本科专业。学院以药用植物、药用动物和药用菌物等中药资源活性物质研究与开发、中药材规范化生产与质量控制和野生动植物资源保护与利用为特色。

吉林农业大学于1956年建立了农业生产机械化系，1959年开始培养本科生，1985年更名为农业工程系，1994年经吉林省教育厅批准成立了工程技术学院。

吉林农业大学经济管理学院是在农业经济管理专业的基础上发展起来的。学校于1977年设立农业经济教研室；1979年在原农学系设立农业经济管理专业，并开始招收第一届本科生；1981年成立农业经济系；1992年组建农商学院；

吉林农业大学马克思主义学院的前身是1948年建校之初的马列主义教研室。吉林农业大学建校之初就开始讲授政治理论课程，1955年，成立马列主义基础教研组。

吉林农业大学园艺学院于1958年开始园艺本科生教育，是学校办学历史最悠久的专业和学院之一，1981年开始硕士研究生培养，是全国首批硕士授予学科，现已为社会输送园艺园林人才近万人。他们均已成为国家园艺园林事业的排头兵和中坚力量。园艺学院是吉林省园艺学会、长春市园艺学会的挂靠单位，中国园艺学会小浆果分会理事长、吉林省风景园林协会副理事长单位。

吉林农业大学人文学院（家政学院），其前身可追溯至吉林农业大学建校之初的马列主义教研室。1994年7月学校在原马列教研部的基础上成立了人文科学系，2000年5月更名为人文政法学院。

资源与环境学院前身为土壤与农业化学系，成立于1956年，1998年更名为资源与环境学院，是吉林农业大学办学历史最悠久的院系之一。经过60多年的建设与发展，现已成为以农业资源与环境为核心学科。

外国语学院成立于2003年，设有英语系、本科生公共外语教学部和研究生公共外语教学部。建有8间数字化网络语言实验室，1间同声传译实验室，1间网络实训室，1间文本资料室，1个学生语言实践实训空间，3个互联网线上教学系统。学院拥有1个英语本科专业，并承担着全校非英语专业博士、硕士研究生及本科生英、日、俄三个语种的教学工作。

食品科学与工程学院始建于1984年。有食品科学与工程一级学科博士后科研流动站，食品科学与工程一级博士学位授权学科，食品科学与工程和轻工技术与工程2个一级硕士学位授权学科。

植物保护学院围绕学科领域发展前沿，立足国家和区域建设人才及技术需求，以创新有害生物安全控制理论和技术为主线，同时遵循“明德崇智、厚朴笃行”的校训精神，本着“把论文写在大地上”的总体思路，力争建成我国重要的、具有东北地域特色的植物保护人才培养、科学研究及社会服务基地。

吉林农业大学生命科学学院成立于2000年12月，建院以来一直秉承“崇尚生命，至真至善”的院训精神，始终坚持“教学、科研、学科、平台、基地”五位一体、协同发展的办学模式，以培养生物学及其相关领域的复合型创新人才为核心

吉林农业大学农学院是1948年吉林农业大学建校时成立的最早院系之一。70余年来，为国家和地方培养了中国工程院院士李玉、杂交大豆之父孙寰、著名燕麦专家任长忠等优秀人才60000余人，为国家和区域经济发展做出了重要贡献。

信息技术学院成立于2001年，学院拥有计算机科学与技术一级硕士学科、农业工程与信息技术专业学位点、大数据技术与智慧农业交叉学科、农业信息学博士二级学科（与农学院共建）。

动物科学技术学院是吉林农业大学历史最悠久的主干院系之一，是全国首批硕士学位授权单位。学院设有动物科学、动物医学、水产养殖学、经济动物学4个系和1个专业基础教学部。

工商管理是研究工商企业经济管理基本理论和方法的学科，主要包括企业经营战略制定和内部行为管理，依据管理学、经济学的基本理论，通过运用现代管理的方法和手段来进行有效的企业管理和经营决策，保证企业的生存和发展。

心理学专业主要学习心理学方面的基本理论和基本知识，接受心理学科学思维和科学实验的基本训练，具有良好科学素养和进行心理学实验的基本能力。心理学分四个二级学科：基础心理学、发展与教育心理学、应用心理学、临床心理学。

教育学专业培养具有良好思想道德品质、较高教育理论素养和较强教育实际工作能力的中、高等师范院校师资、中小学校教育科研人员、教育科学研究单位研究人员、各级教育行政管理人员和其他教育工作者。

该专业主要学习计算机科学与技术方面的基本理论和知识，接受从事研究与应用计算机的基本训练，具有研究和开发计算机系统的基本能力，其主干学科包含数据结构、计算机网络、操作系统、计算机原理等。

教育管理就是管理者通过组织协调教育队伍，充分发挥教育人力、财力、物力等信息的作用，利用教育内部各种有利条件，高效率的实现教育管理目标的活动过程。是国家对教育系统进行组织协调控制的一系列活动。

专业培养具备城市和现代工业环境保护方面的水、气、声、固体废物污染防治、环境规划、资源保护、环境影响评价等方面的基础知识，能够在环保部门、工矿企业、科研单位等单位从事规划、设计、管理和研究开发工作的人才。

预防医学是从医学中分化出来的一个独立的学科群，它以人类群体为研究对象，应用生物医学、环境医学和社会医学理论，宏观与微观相结合的方法，研究疾病发生与分布规律以及影响健康的各种因素，制定预防对策和措施。

农学专业是研究农业发展的自然规律和经济规律的科学学科，因涉及农业环境、作物和畜牧生产、农业工程和农业经济等多种科学而具有综合性，其中林业科学和水产科学有时也包括在广义的农业科学范畴之内。

兽医学专业是以生物学为基础，研究动物疾病的发生发展规律，并对疾病进行诊断和防治，保障动物健康的综合性学科，不仅要保障畜牧业的发展，还要减少人畜共患疾病的危害，提高动物性食品的卫生质量和改善环境卫生。

旅游管理专业是随着我国旅游经济发展建立的新型学科，在中国，这门学科的产生只有二十年时间，但已成为管理学科体系中的重要学科部门，该专业学生主要学习旅游管理方面的基本理论和基本知识以及分析和解决问题的基本能力。

农村与区域发展，属于农业硕士下设的一个专业，是1999年国家教育部增设的。该专业培养具备农村区域发展基本理论、知识和技能，能在农业推广管理部门、规划与设计、推广与发展、教学与科研等工作的高级专门人才。

中药学培养有中药学与中医学基础知识背景，具备良好人文和自然科学素养，系统掌握中医药学基本理论，掌握中药研制的基本技能及现代医药学的相关知识，具有一定的中药生产、管理、销售、和研究开发能力的中药学专门人才。

林学专业培养具备森林培育、林木遗传育种、森林病虫鼠害防治与检疫、野生植物资源开发利用等方面的知识，能在林业、农业、环境保护等部门从事森林培育、森林资源保护、森林生态环境建设的高级科学技术人才。

园艺学科属于应用基础和应用型研究学科，是以农业生物学为主要理论基础，研究园艺作物生长发育和遗传规律的学科，也是研究园艺作物起源与分类、种质资源、遗传育种、栽培等应用技术与原理的综合性学科。