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目前来看，两种虽然都是经济学，但二者有着较大的区别。
报考理论经济学在职研究生，主要是为各个经济学科提供基础理论，这门专业是经济学的基本概念和基本原理，发掘经济运行和发展的规律。
而报考应用经济学在职研究生，则主要是应用理论经济学的基本原理研究国民经济各个部门、各个专业领域的经济活动和经济关系的规律性等。
总体来说，二者研究发展方向不同，具体要由你自己来决定，你可以联系网站老师详细了解。
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